Hartmann stellte im Mai 1936 U 26 in Dienst. Als dessen Kommandant brachte er seinem Wachoffizier Günther Prien im Rahmen ihres Einsatzes viel über das U-Boot-Handwerk bei. Bis 1944 versenkte Werner Hartmann 26 Schiffe mit insgesamt 115.332 BRT. Ausgezeichnet mit dem Ritterkreuz sowie dem Eichenlaub zum Ritterkreuz, trat er am 10. Juli 1956 in die Bundeswehr ein.
